Luego de casi tres años de gobierno, finalizaba abruptamente el mandato del ex Presidente Salvador Allende, luego de un Golpe Militar encabezado por Augusto Pinochet Ugarte. Aquel 11 de septiembre de 1973, Efraín Jaña Girón era Coronel del Ejército y posteriormente designado como Jefe de Estado de Sitio en Talca. Sin embargo, a pesar de las claras órdenes de reprimir, detener y asesinar a adherentes al Gobierno de la Unidad Popular, Jaña se negó a ejecutar estas órdenes en nuestra ciudad. Y no sólo eso, posteriormente también se negaría a integrar el Consejo de Guerra que dispuso el fusilamiento del intendente maulino Germán Castro.
Dos semanas después del comienzo de la Dictadura Militar, y en el marco de la «Caravana de la muerte» (comitiva del Ejército de Chile, encargada por Pinochet, para recorrer distintas partes de Chile para acelerar y/o endurecer procesos de las personas detenidas tras el Golpe) Jaña fue destituido, torturado y encarcelado por «incumplimiento de deberes militares», sometido a Consejo de Guerra, siendo condenado a cinco años de prisión, tras lo cual se fue a Holanda.
Durante sus largos años de exilio fue activo participante en la Organización de Militares Democráticos de América Latina y el Caribe (OMDELAC). Además, fue autor del ensayo «Prats, el militar», texto sobre el ex Comandante en Jefe del Ejército chileno, general Carlos Prats, asesinado junto a su esposa Sofía Cuthbert en Buenos Aires, en 1974 por agentes de la Dictadura.
Pocos días después de su muerte, se proyectó en la Universidad Academia de Humanismo Cristiano, de Santiago, un documental titulado «Desobediencia», del que Jaña es uno de los tres protagonistas principales. La cinta, del director chileno Patricio Henríquez, radicado en Canadá desde 1973, narra la historia de tres militares que se rebelaron ante órdenes de matar: el soldado norteamericano Camilo Mejías, el reservista israelí Igal Vega y el ex coronel chileno Efraín Jaña.
Falleció el año 2009 a sus 83 años de edad, recibiendo honores de sus familiares y amigos, y también militar a cargo de un capitán del Ejército y una pequeña comitiva. Sin embargo, el hecho, como era de esperar, fue prácticamente ignorado por los medios de prensa, olvidando el reconocimiento a un hombre y militar que se negó a asesinar compatriotas por el hecho de pensar diferente.